Paul porte un sujet de thèse cofinancée par #DigitAg.

Bonjour, je m’appelle Paul Tresson. Je suis titulaire d’un diplôme d’ingénieur agronome en protection des cultures de l’ENSAIA, l’École nationale supérieure d’agronomie et des industries alimentaires de Nancy, en double diplôme avec un master Forêt, Agronomie, Gestion des Ecosystèmes. Toujours désireux d’approfondir mes connaissances et intéressé par la recherche, j’ai décidé de poursuivre ma formation en thèse.

Ce sujet particulièrement allie de nombreux domaines qui me sont chers : protection des cultures, entomologie, étude des écosystèmes et informatique. Les possibilités ouvertes par l’utilisation du deep learning sont immenses et je pense qu’il y a beaucoup à apprendre grâce à ces technologies.

J’espère à travers ma thèse contribuer à une meilleure compréhension des écosystèmes et ainsi à une protection des cultures plus durable.

Quantification de la régulation des ravageurs par les prédateurs généralistes par analyse de séquences d’images pour déterminer et quantifier les réseaux d’interactions, cas du charançon du bananier

Date de démarrage : Octobre 2018
Université : MUSE Montpellier Université D’Excellence / Montpellier SupAgro
Ecole doctorale : GAIA
Discipline / Spécialité : Bioinformatique, Agroécologie
Directeur de thèse : Philippe Tixier, Cirad GECO et William Puech, Université de Montpellier LIRMM
Encadrant(es) : Dominique Carval, Cirad GECO et Wiliam Puech, Université de Montpellier LIRMM
Financement : #DigitAg – Cirad
#DigitAg : Thèse cofinancée – Axes 3 et 5 – Challenges 1, 3 et 8

Mots-clés : Cosmopolites, régulation par contrôle biologique Réseaux de neurones convolutifs

Résumé :

Dans un contexte de développement durable en agriculture, il est crucial de définir des méthodes de gestion intégrées de bioagresseurs. Parmi celles-ci, la régulation par les ennemis naturels est une voie prometteuse. Cependant, il n’y a pas, à ce jour, de méthode d’études des prédateurs généralistes qui permet, d’une part, de conclure avec certitude sur l’identité de ceux qui sont impliqués dans le biocontrôle et d’autre part de quantifier l’effet de ce biocontrôle sur la dynamique de population des bioagresseurs considérés, autrement dit son efficacité au champ. Ces deux informations sont cruciales pour le développement et le transfert de pratiques agroécologiques efficaces.

Nous proposons l’utilisation de mésocosmes in natura couplée à une méthode vidéo de mesure non-perturbante des réseaux d’interaction pour quantifier la régulation et la prédation. Ces mésocosmes correspondront à des situations de production bananière existantes en Martinique, terrain d’étude de l’unité GECO, et couvriront une gamme de biodiversité végétale (planifiée ou non). Dans chacun de ces mésocosmes, les dynamiques des populations du charançon du bananier Cosmopolites sordidus seront suivies par méthode de capture-marquage-recapture afin de déduire la magnitude des régulations par les ennemis naturels qui y ont cours. Dans chaque situation choisie, nous établirons un témoin correspondant à une placette où les ennemis naturels sont exclus. La méthode vidéo permettra quant à elle de connaître l’identité des prédateurs impliqués dans les régulations et de quantifier les liens d’interactions trophiques et non-trophiques existants dans la communauté animale (fréquence, durée et type des interactions). A cette fin, des méthodes d’analyse numérique automatisée des images seront développées (ex : reconnaissance automatique d’un ravageur, dénombrement des individus), notamment par des méthodes d’apprentissage automatique et en particulier les méthodes de réseau de neurones convolutifs que maîtrise l’équipe ICAR du LIRMM. Ces méthodes devraient révolutionner notre compréhension du fonctionnement des agrosystèmes et, du fait de leur généricité, elles pourront s’appliquer à l’étude de la plupart des systèmes cultivés.

Contact: paul.tresson [AT] cirad.fr ou [AT] lirmm.fr – Tél : 04 67 41 85 85

Communications/Publications:

Publications dans des journaux internationaux à comités de lecture

Tresson P., Tixier P., Puech W., Bagny Beile L., Roudine S., Pagès C., Carval D. (2019) CORIGAN Assessing multiple species and interactions within images, Methods in Ecology & Evolution – https://besjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/2041-210X.13281

Publications dans des conférences internationales