[Paroles de doctorants] Gaëlle Lefort : Intégration de données métabolomiques par quantification de données haut débit et application à l’analyse des causes de la mortalité périnatale chez le porc

Gaëlle porte un sujet de thèse cofinancée par #DigitAg

Bonjour, je m’appelle Gaëlle Lefort. Avant de commencer ma thèse j’ai suivi des études en statistiques et informatique. D’abord en réalisant un DUT en statistique et informatique décisionnelle puis en école d’ingénieur spécialisée en statistique (Ecole nationale de statistique et d’analyse de l’information, Ensai).

Dès ma dernière année d’étude, j’ai choisi de m’orienter vers le domaine de la biologie en réalisant mes derniers stages d’abord à l’Inserm et ensuite à l’Isped. Ensuite, j’ai pu découvrir le monde de la recherche durant 3 ans en CDD à l’Inra. Cette expérience m’a donnée envie d’approfondir ce que je faisais en réalisant une thèse.

 

Intégration de données métabolomiques par quantification de données haut débit et application à l’analyse des causes de la mortalité périnatale chez le porc

  • Date de démarrage : Septembre 2019
  • Université : Université Toulouse 1 Capitole
  • Ecole doctorale : MITT (Mathématiques, Informatique, Télécommunications de Toulouse)
  • Discipline / Spécialité : Mathématiques et Applications
  • Directeur de thèse : Nathalie Vialaneix, Inra MIA Toulouse
  • Encadrant(es)  :  Rémi Servien, Inra InTheRes Toulouse, Laurence Liaubet, Inra GenPhySE Toulouse, Hélène Quesnel, Inra PEGASE Rennes
  • Financement : #DigitAg – Inra
  •  #DigitAg : Thèse cofinancée – Axe 5 – Challenges 2 et 4

Mots-clés : Métabolomique, Sélection de variables, Tests multiples, Intégration de données

Résumé :

L’obtention de données métabolomiques est une méthode abordable pour accéder à des informations phénotypiques fines à partir d’échantillons sanguins, de liquide amniotique ou d’urine en utilisant une approche haut-débit, la RMN (Résonance Magnétique Nucléaire). Cependant, à cause d’un manque de méthodes automatiques permettant de relier l’information fournie par le spectre RMN à la quantification des métabolites, son utilisation est limitée en interprétation et, de ce fait, sous-exploitée. Cette thèse se propose de développer une nouvelle méthode, rapide et efficace, pour la quantification de données métabolomiques à partir des spectres RMN. Les résultats de la méthode seront validés par l’application à des données déjà acquises du projet PORCINET (ANR-09-GENM-005) et les données en voie d’acquérir dans le cadre du projet SuBPig (GISA, 2018-2019) qui s’attaquent au problème de la mortalité périnatale chez le porc. Dans le cadre de ce projet, des quantifications directes de certains métabolites ont été effectuées et seront utilisées pour valider la méthode. Enfin, les résultats obtenus seront intégrés aux autres variables ‘omiques disponibles dans le but de proposer des biomarqueurs exploitables pour la prédiction de la mortalité à la naissance chez le porc.

 

Contact: gaelle.lefort [AT] inra.fr​

Communications / Publications

Articles

Tardivel, P., Canlet, C., Lefort, G., Tremblay-Franco, M., Debrauwer, L., Concordet, D., Servien, R. (2017). ASICS : an automatic method for identification and quantification of metabolites in NMR 1D 1H spectra. Metabolomics. https://doi.org/10.1007/s11306-017-1244-5

Lefort, G., Servien, R., Quesnel, H. et al. (2020), The maturity in fetal pigs using a multi-fluid metabolomic approach, https://doi.org/10.1038/s41598-020-76709-8

Conférences

Lefort, G., Liaubet, L., Canlet, C., Villa-Vialaneix, N., Servien, R. (2018). ASICS identifier et quantifier des métabolites à partir d’un spectre RMN 1H, 51èmes Journées de Statistique de la SFdS – https://hal.inrae.fr/hal-02737497/document

Lefort, G., Liaubet, L., Canlet, C., Vialaneix, N., Servien, R. (2018). ASICS identification and quantification of metabolites in complex 1H NMR spectra. European Conference on Computational Biology (ECCB 2018). Poster.

Gaëlle Lefort, Nathalie Vialaneix, Helene Quesnel, Marie–Christine Pere, Yvon Billon, et al (2020) Étude de la maturité des porcelets en fin de gestation par une approche métabolomique multifluide, 52. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2020, Paris, France. IFIP – Institut du Porc – https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02479994/