[Paroles de doctorants] Héloïse Villessèche : Caractérisation de la variabilité de réponse de plantes à des stress multiples par imagerie hyperspectrale et approches omiques. Application à la culture du blé

Héloïse Villessèche porte un sujet de thèse cofinancée par #DigitAg

Bonjour, je m’appelle Héloïse Villessèche, doctorante au sein des UMRs AGAP de l’INRA et ITAP d’Irstea. Je suis issue d’un master BEE (Biodiversité, Ecologie et Evolution) parcours Modélisation de l’Université de Rennes 1. Mon stage de master m’a permis de m’intéresser à l’imagerie et j’ai voulu continuer dans ce domaine au travers de l’imagerie hyperspectrale. J’ai choisi un sujet appliqué à l’agriculture du fait de mon master et d’un intérêt personnel pour ce domaine.

L’hypothèse de mon sujet est que l’imagerie hyperspectrale permet de mettre en évidence des changements très fins chez les plantes, suffisamment pour permettre de compléter ou prédire l’information génétique. Si cette hypothèse est confirmée, il serait possible qu’une méthode non destructive puisse permettre des diagnostics de stress sur le blé ou au moins de les compléter.

Caractérisation de la variabilité de réponse de plantes à des stress multiples par imagerie hyperspectrale et approches omiques. Application à la culture du blé

  • Date de démarrage : octobre 2019
  • Université : MUSE Montpellier Université d’Excellence / Montpellier SupAgro
  • Ecole doctorale :  GAIA, Montpellier
  • Discipline / Spécialité : Chimiométrie et analyse génétique
  • Directeur de thèse : Ryad Bendoula (Irstea ITAP)
  • Encadrant(es) : Pierre Roumet (INRA, AGAP), Martin Ecarnot (INRA, AGAP), Nathalie Gorretta (Irstea ITAP), Elsa Ballini (Montpellier SupAgro BGPI)
  • Financement : #DigitAg – INRA
  • #DigitAg : Thèse cofinancée – Axe 3, Challenge 3

Mots-clés : Multi capteurs ; stress biotiques et abiotiques ; analyse d’image ; traitement et fusion  de données ; apprentissage machine ; imagerie hyperspectrale, blé, septoriose, rouille brune, stress hydrique

Résumé :

Le développement de nouvelles pratiques agricoles basées sur des principes d’agroécologie, nécessite d’être capable d’analyser des interactions complexes entre les plantes et leurs environnements biotiques et abiotiques. Cette  capacité d’analyse des stress multiples nécessite, d’une part, d’adopter un cadre conceptuel nouveau comme le phytobiome ou le phénotype étendu, et d’autre part, de coupler des méthodologies qui permettent d’analyser le phénotype de la plante entière -ou de certains organes- à différentes échelles. Dans ce travail, nous proposons de combiner des approches innovantes basées sur l’interaction lumière-matière à des approches plus classiques ‘en omiques’ pour caractériser la variabilité de réponse du blé dur à des stress multiples : biotiques (septoriose, rouille brune) et abiotique (contrainte hydrique).

 

Contact: heloise.villesseche [AT] inrae.fr – 06 24 96 20 63

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